第41条

職員は、指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等（行政文書ファイル管理簿（公文書管理法第七条第一項に規定する行政文書ファイル管理簿をいう。）に記載された行政文書ファイル等（公文書管理法第五条第五項に規定する行政文書ファイル等をいう。）のうち特定秘密を記録するものをいう。以下同じ。）の管理が法、令又は運用基準（以下「法等」という。）に従って行われておらず、又はそのおそれがあると認めたときは、次の各号に掲げる職員の区分に応じ、直ちに当該各号に定める措置を講ずるものとする。 一 特定秘密の取扱いの業務を行う職員（次号に定める報告を受けた職員を含む。） 適切な措置を講ずるとともに、講じた措置の内容を特定秘密管理者に報告すること。 二 特定秘密の取扱いの業務を行う職員以外の職員 指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われておらず、又はそのおそれがある旨を当該特定秘密の取扱いの業務を行う職員に報告すること。 ２ 前項の報告を受けた特定秘密管理者は、指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていたか否かに関する調査を行うとともに、次の各号のいずれかに該当する場合には、当該各号に定める措置を講ずるものとする。 一 指定及び解除が法等に従って行われていないおそれがあると認めた場合 速やかに国家公安委員会に報告すること。 二 特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていないと認めた場合 適切な措置を講じ、速やかに、その結果を国家公安委員会に報告すること。 ３ 国家公安委員会は、前項第一号の報告を受けた場合においては、その内容に応じ適切な措置を講ずるものとする。 ４ 国家公安委員会は、第二項各号の報告に係る指定若しくはその解除又は特定行政文書ファイル等の管理が法等に従って行われていないと認めた場合には、速やかに、その旨を内閣府独立公文書管理監に報告するものとする。