第3条（割引債の償還差益に係る所得税の還付）

租税特別措置法第四十一条の十二第七項に規定する割引債（以下この条において「割引債」という。）の償還差益（同項に規定する償還差益をいう。以下この条において同じ。）につき、法第三条の三第一項の規定により還付する所得税の額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 一 租税条約の規定により割引債の償還差益について所得税が免除される相手国居住者等に対して還付する場合 当該償還差益に対する源泉徴収による所得税の額に当該相手国居住者等の当該割引債に係る所有期間割合を乗じて計算した金額に相当する金額 二 租税条約の規定により割引債の償還差益について所得税が軽減される相手国居住者等に対して還付する場合 当該償還差益に対する源泉徴収による所得税の額に当該相手国居住者等の当該割引債に係る所有期間割合を乗じて計算した金額から期間対応差益（当該割引債の償還差益に当該相手国居住者等の当該割引債に係る所有期間割合を乗じて計算した金額をいう。）に当該期間対応差益に対して適用される限度税率を乗じて計算した金額を控除した残額に相当する金額 ２ 株主等償還差益（割引債の償還差益のうち法第三条の三第二項に規定する償還差益に相当する部分であつて所得税の免除又は軽減を定める租税条約の規定の適用があるものをいう。以下この項及び次項において同じ。）につき、同条第二項の規定により還付する所得税の額は、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額とする。 一 租税条約の規定により株主等償還差益について所得税が免除される法第三条の三第二項に規定する外国法人（以下この条において「外国法人」という。）に対して還付する場合 株主等償還差益に対する所得税の額（当該株主等償還差益に係る割引債の償還差益に対する源泉徴収による所得税の額に当該割引債の償還差益の額のうちに当該株主等償還差益の額の占める割合を乗じて計算した金額をいう。次号において同じ。）に当該外国法人の当該割引債に係る所有期間割合を乗じて計算した金額に相当する金額 二 租税条約の規定により株主等償還差益について所得税が軽減される外国法人に対して還付する場合 株主等償還差益に対する所得税の額に当該外国法人の当該株主等償還差益に係る割引債に係る所有期間割合を乗じて計算した金額から当該株主等償還差益に係る期間対応差益（当該株主等償還差益に当該外国法人の当該割引債に係る所有期間割合を乗じて計算した金額をいう。）に当該株主等償還差益に係る期間対応差益に対して適用される限度税率を乗じて計算した金額を控除した残額に相当する金額 ３ 相手国居住者等である外国法人が支払を受ける割引債の償還差益に当該相手国居住者等に係る相手国等以外の相手国等との間の租税条約に係る株主等償還差益が含まれている場合において、当該外国法人に対して法第三条の三第二項の規定により還付する所得税の額は、前項の規定にかかわらず、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定めるところによる。 一 当該償還差益について適用される当該相手国居住者等に係る相手国等との間の租税条約の規定により当該償還差益について所得税が免除される場合 零 二 当該償還差益について適用される前号の租税条約の規定により当該償還差益について所得税が軽減される場合 前項第一号又は第二号の規定により計算した金額から第一項第二号の規定により計算した金額に当該償還差益の額のうちに当該株主等償還差益の額の占める割合を乗じて計算した金額を控除した残額に相当する金額 ４ 第一項各号及び第二項第一号に規定する源泉徴収による所得税の額とは、租税特別措置法第四十一条の十二第三項の規定により徴収される所得税の額（当該所得税の額が明らかでないときは、当該割引債の券面金額から当該割引債に係る租税特別措置法施行令第二十六条の十一第一項に規定する最終発行日における発行価額等を控除した残額（当該割引債が外国法人が同法第二条第一項第一号に規定する国外において発行したものであるときは、同法第四十一条の十二第三項に規定する政令で定める金額）に、当該割引債の発行の際に同法第四十一条の十二第三項の規定により当該割引債に係る償還差益について徴収された所得税の税率を乗じて計算した金額とし、その割引債が償還期限を繰り上げて償還されたもの又は当該期限前に買入消却されたものであるときは、その所得税の額から同条第五項の規定により還付される金額を控除した残額とする。）をいう。 ５ 第一項各号及び第二項各号に規定する所有期間割合とは、割引債の発行の日（その日が明らかでないときは、当該割引債に係る最終発行日）から償還（買入消却を含む。以下この条において同じ。）の日までの期間の月数（当該割引債が租税特別措置法施行令第二十六条の十一第三項に規定する短期公社債である場合には、日数。以下この項において同じ。）のうちに当該割引債を所有していた期間（その償還の日まで引き続く期間に限る。）の月数の占める割合をいう。 ６ 前項の月数は、暦に従つて計算し、一月に満たない端数を生じたときは、所有していた期間にあつてはこれを一月とし、発行の日から償還の日までの期間にあつてはこれを切り捨てたところによるものとし、同項の割合が一を超えるときは、これを一とする。 ７ 法第三条の三第一項又は第二項の規定による還付は、相手国居住者等又は外国法人が総務省令、財務省令で定めるところにより還付請求書を提出した場合に限り、割引債の償還の際、還付する。 ８ 租税特別措置法施行令第二十六条の十二第二項後段及び第二十六条の十四の規定は、前項の還付をする金額について準用する。 ９ 租税条約の規定により割引債の償還差益について所得税が免除され、又は軽減される相手国居住者等に対する租税特別措置法施行令第二十六条の十一の規定の適用については、同条第一項中「により計算した金額」とあるのは「に準じて計算した金額から租税条約等の実施に伴う所得税法、法人税法及び地方税法の特例等に関する法律施行令（昭和六十二年政令第三百三十五号）第三条第一項から第三項までの規定により計算した還付する金額を控除した残額」と、「同条第一項第一号」とあるのは「法人税法施行令第百四十条の二第一項第一号」とする。