第16条（地方税の不均一課税に伴う措置）

地方税法（昭和二十五年法律第二百二十六号）第六条第二項の規定により、総務省令で定める地方公共団体が、対象地域内において第七条の認定に係る事業計画に従って農林業等活性化基盤施設のうち総務省令で定めるものを設置した者（総務省令で定める要件に該当する者に限る。）について、当該施設の用に供する家屋若しくはこれらの敷地である土地の取得に対する不動産取得税又は当該施設の用に供する家屋若しくは構築物若しくはその敷地である土地に対する固定資産税に係る不均一の課税をした場合において、これらの措置が総務省令で定める場合に該当すると認められるときは、地方交付税法（昭和二十五年法律第二百十一号）第十四条の規定による当該地方公共団体の各年度における基準財政収入額は、同条の規定にかかわらず、当該地方公共団体の当該各年度分の減収額（固定資産税に関するこれらの措置による減収額にあっては、これらの措置がなされた最初の年度以降三箇年度におけるものに限る。）のうち総務省令で定めるところにより算定した額を同条の規定による当該地方公共団体の当該各年度（これらの措置が総務省令で定める日以後において行われたときは、当該減収額について当該各年度の翌年度）における基準財政収入額となるべき額から控除した額とする。