第9の5条（重加算税を課さない部分の税額の計算等）

法第十二条の四第一項（重加算税）（同条第三項又は第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、過少申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該事実のみに基づいて修正申告又は更正があつたものとした場合における当該修正申告又は更正に基づき法第九条第一項又は第二項（申告納税方式による関税等の納付）の規定により納付すべき税額とする。 ２ 法第十二条の四第二項（同条第三項又は第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する隠蔽し、又は仮装されていない事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該事実のみに基づいて法第十二条の三第一項各号（無申告加算税）のいずれかに該当することとなつたものとした場合における同項各号に規定する申告、決定又は更正に基づき法第九条第二項の規定により納付すべき税額とする。 ３ 法第十二条の四第三項（同条第四項の規定により適用される場合を含む。）に規定する電磁的記録に記録された事項に係るもの以外の事実に基づく税額として政令で定めるところにより計算した金額は、過少申告加算税又は無申告加算税の額の計算の基礎となるべき税額のうち当該電磁的記録に記録された事項に係るもの以外の事実のみに基づいて期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定があつたものとした場合におけるその期限後特例申告書の提出若しくは修正申告又は更正決定に基づき法第九条第一項又は第二項の規定により納付すべき税額とする。