第12条（指定海域における行為の届出等）

開発区域以外の一定の海域で、海底の地形、海流、餌じ料生物の分布その他の自然的条件がすぐれているため漁場としての効用が高く、かつ、漁業生産において重要な地位を占める海域として政令で指定するもの（以下「指定海域」という。）において、漁場としての効用を著しく低下させ、又は喪失させるおそれがある海底の掘削、工作物の設置その他の行為で政令で定めるもの（以下「特定行為」という。）をしようとする者（国の機関等を除く。）は、農林水産省令で定めるところにより、当該指定海域を管轄する都道府県知事にその旨を届け出なければならない。 ２ 指定海域を管轄する都道府県知事は、当該指定海域の漁場としての効用を保全するため必要があると認めるときは、当該指定海域において特定行為をし、又はしようとする者（国の機関等を除く。）に対して、必要な勧告をすることができる。 ３ 国の機関等は、指定海域において特定行為をしようとするときは、当該指定海域を管轄する都道府県知事にその旨を通知しなければならない。 ４ 政府は、指定海域を指定する場合において、当該指定海域の区域が二以上の都道府県知事の管轄に属し、又はその管轄が明確でないときは、その指定に係る第一項の政令において、当該指定海域を管轄する行政庁を農林水産大臣とする旨をあわせて定めなければならない。 この場合においては、前三項の規定中「都道府県知事」とあるのは、「農林水産大臣」とする。 ５ 農林水産大臣は、第一項の政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは、水産政策審議会の意見を聴かなければならない。