第39条（納税義務の免除の規定の適用を受けない旨の届出等に関する特例）

阪神・淡路大震災の被災者である事業者で平成七年一月十七日の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第九条第四項又は第三十七条第一項の規定の適用を受けようとするものが、これらの規定による届出書を国税庁長官が当該震災の状況及び当該震災に係る国税通則法第十一条の規定による申告に関する期限の延長の状況を勘案して別に定める日（以下この条において「指定日」という。）までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を消費税法第九条第四項又は第三十七条第一項の規定の適用を受けようとする課税期間の初日の前日（当該課税期間が同法第九条第四項又は第三十七条第一項に規定する事業を開始した日の属する課税期間その他の政令で定める課税期間であって、かつ、当該届出書が当該課税期間の末日の翌日以後に提出された場合には、当該課税期間の末日）に当該税務署長に提出したものとみなして、同法第九条第四項又は第三十七条第一項の規定を適用する。 ２ 消費税法第九条第四項又は第三十七条第一項の規定による届出書を提出した事業者が阪神・淡路大震災の被災者となった場合における当該事業者に係る同法第九条第五項又は第三十七条第二項の規定による届出書の提出については、当該届出書が指定日までにその納税地を所轄する税務署長に提出される場合に限り、同法第九条第六項又は第三十七条第三項の規定は、適用しない。 ３ 阪神・淡路大震災の被災者である事業者で平成七年一月十七日の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第九条第四項の規定の適用を受けることをやめようとするものが、同条第五項の規定による届出書を指定日までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書をその提出した日の属する課税期間以後の課税期間で同条第四項の規定の適用を受けることをやめようとする課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同条第七項の規定を適用する。 ４ 阪神・淡路大震災の被災者である事業者で平成七年一月十七日の属する課税期間以後の課税期間につき消費税法第三十七条第一項の規定の適用を受けることをやめようとするものが、同条第二項の規定による届出書を指定日までにその納税地を所轄する税務署長に提出したときは、当該届出書を同条第一項の規定の適用を受けることをやめようとする課税期間の初日の前日に当該税務署長に提出したものとみなして、同条第四項の規定を適用する。