第41条（帰島に伴う譲渡所得等の課税の特例）

国の行政機関が作成した旧島民の帰島に関する計画（以下「帰島計画」という。）に基づき永住の目的をもつて小笠原諸島の地域へ移住する者として政令で定めるもの（以下「帰島者」という。）が、その移住する日の属する年においてその有する資産で小笠原諸島の地域以外の本邦の地域にあるものを譲渡した場合には、租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第三十三条の四又は第三十四条から第三十五条の三までの規定の適用を受ける場合を除き、当該資産の譲渡に対する同法第三十一条（同法第三十一条の二又は第三十一条の三の規定により適用される場合を含む。）若しくは同法第三十二条又は所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第三十二条若しくは第三十三条の規定の適用については、次に定めるところによる。 一 租税特別措置法第三十一条第一項中「長期譲渡所得の金額（」とあるのは、「長期譲渡所得の金額から千五百万円（長期譲渡所得の金額が千五百万円に満たない場合には、当該長期譲渡所得の金額）を控除した金額（」とする。 二 租税特別措置法第三十二条第一項中「短期譲渡所得の金額（」とあるのは、「短期譲渡所得の金額から千五百万円（短期譲渡所得の金額が千五百万円に満たない場合には、当該短期譲渡所得の金額）を控除した金額（」とする。 三 所得税法第三十二条第三項に規定する総収入金額から必要経費を控除した残額は、当該残額に相当する金額から千五百万円（当該残額に相当する金額が千五百万円に満たない場合には、当該残額に相当する金額）を控除した金額とする。 四 所得税法第三十三条第三項に規定する譲渡益は、当該譲渡益に相当する金額から千五百万円（当該譲渡益に相当する金額が千五百万円に満たない場合には、当該譲渡益に相当する金額）を控除した金額とする。 ２ 前項の場合において、帰島者の有する資産の譲渡について同項各号のうち二以上の号の規定の適用があるときは、同項各号の規定により控除すべき金額は、通じて千五百万円の範囲内において、政令で定めるところにより計算した金額とする。 ３ 前二項の規定は、帰島者が、その有する資産で小笠原諸島の地域以外の本邦の地域にあるものを譲渡し、その譲渡の日の属する年の翌年で同日から一年以内に小笠原諸島の地域へ移住する見込みであり、かつ、財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けた場合について準用する。 ４ 第一項（前項において準用する場合を含む。）の規定は、その適用を受けようとする者のこれらの規定に規定する資産を譲渡した日の属する年分の所得税法第二条第一項第三十七号に規定する確定申告書に、その適用を受けようとする旨を記載し、かつ、帰島者に該当する旨の財務省令で定める証明書を添付しない場合には、適用しない。 ただし、当該申告書の提出がなかつたこと又は当該記載若しくは添付がなかつたことにつき税務署長においてやむを得ない事情があると認める場合において、当該記載をした書類及び財務省令で定める証明書の提出があつたときは、この限りでない。 ５ 第三項において準用する第一項の規定の適用を受けた者は、第三項に規定する期間を経過した日の前日において小笠原諸島の地域へ移住していなかつた場合には、当該経過した日から四月以内に同項に規定する譲渡の日の属する年分の所得税についての国税通則法（昭和三十七年法律第六十六号）第十九条第三項に規定する修正申告書を提出し、かつ、当該期限内に当該申告書の提出により納付すべき税額を納付しなければならない。 ６ 前項の規定に該当することとなつた場合において、同項の修正申告書の提出がないときは、納税地の所轄税務署長は、当該申告書に記載すべきであつた所得金額、所得税の額その他の事項につき国税通則法第二十四条又は第二十六条の規定による更正を行う。 ７ 租税特別措置法第三十三条の五第三項の規定は、第五項の規定による修正申告書及び前項の更正について準用する。 この場合において、同条第三項第一号及び第二号中「第一項に規定する提出期限」とあるのは「小笠原諸島振興開発特別措置法第四十一条第五項に規定する提出期限」と、同号中「租税特別措置法第三十三条の五第一項」とあるのは「小笠原諸島振興開発特別措置法第四十一条第五項」と読み替えるものとする。